その後、内日、幡生へと移転して、9代目の月印和尚まで相続し、享保17年(1732)に現在地に移転しました。
幕末には、松下村塾で高杉晋作とともに双璧と言われた、久坂元瑞が中心となって結成した有志隊が寄宿していました。
有志隊は、長州に亡命していた公卿中山忠光を総帥に戴き、光明寺を本営としていたことから、「光明寺党」と呼ばれていました。
文久3年(1863)5月には、この光明寺党が壇之浦砲台に向い、庚申丸からアメリカの商船ペンブローク号に向けて、馬関攘夷戦の第1弾を放ちました(亀山砲台跡参照)。
後の奇兵隊の核となったのも、この光明寺党でした。